全自动超纯水机反渗透膜污染是影响反渗透系统工作效率和使用寿命的一个重要因素。一般反渗透膜的使用寿命在2-3年，而正确的反渗透膜清洗技术可以使膜的使用寿命在原来的基础上延长1-2年。因此，当反渗透系统参数出现如下变化时，应及时进行反渗透膜清洗处理。
全自动超纯水机膜污染通常是指溶液中的溶质、膜以及溶剂相互作用而产生的一些复杂现象，主要包括膜面污堵、化学破坏以及细菌生长几种情况。
全自动超纯水机膜物理清洗方法：
(1)水力方法：降低操作压力，提高料液循环量对膜面进行较长时间的冲刷，以去除附着于膜面的污染物，有利于提高通量。这种方法简单，但这处理过的膜，通量恢复值较低，经短期运转后透水性能再次快速下降。
( 2)气-液脉冲：往膜过滤装置间隙通入高压气体(空气或氮气)形成气-液脉冲，气体脉冲使膜上的孔道膨胀，从而使污染物能被液体冲走。这种处理方法较简单，对于初期受有机物污染的纳滤膜是有效的。
(3)保护液浸泡：在MPS-44纳滤膜分离林可霉素(又称洁霉素)废水的实验中发现，当用保护液浸泡受到严重污染的MPS-44纳滤膜4天以上、并经酸和碱液清洗时，膜的通量基本能恢复。这可能是保护液中的化学物质与嵌于膜内的残留污染物之间存在相互作用，从而疏通了水通过膜的通道。只是该法耗时太长，膜的有效利用时间缩短。
清洗后的纳滤装置压差、出水流量、膜透过率都恢复到了正常范围。此时，出水水质得到了提高，全自动超纯水机膜通量恢复到了正常的20L/(m2·h)，达到了清洗目的。
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